EDI標準化作業は、1960年代に北米で運送業を中心として開始された。やがて、全産業を包含する統一標準が必要とされ、ASC(Accredited Standards Committee) X12が設立、1979年にANSI(American National Standards Institute)によって認可された。ASC X12によって、一般にX12と呼ばれるEDI標準が作成され、これは当初は米国内の取引で使用された。一方、欧州共同体では、GTDI(Guidelines on Trade Data Interchange)と呼ばれる独自のEDI 標準が開発された。その後、国連の欧州経済委員会において、X12とGTDIをベースにEDIFACT(Electronic Data Interchange for Administration, Commerce, and Transport)と呼ばれる新しい標準が開発された。EDIFACTは、1987にISO(International Organization for Standardization)によって「ISO 9735」として採択。ASC X12メンバーは、1992年にEDIFACTの採択を承認したが、北米では依然としてX12がEDI標準として広く使用されている。
EDIFACTの開発は欧州経済委員会の管理下で行われ、その一部は国際規格となっている。1998年からはEDI用の国際シンタックスルール「EDIFACT(EDI for administration, commerce and transport) V4」が順次ISO登録され、これがデファクト・スタンダードとなっている。ちなみに米国では「ANSI.X12」、日本では銀行業界の標準である「全銀手順」、各種業界で使われている「CII標準」、流通業界の「JCA手順」、物流業界の「JTRN」などがある。